舰队编组的核心在于合理分配指挥值与舰船定位。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级至九级基地后可提升至400。舰船位置由蓝图中的定位决定，分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排单位。指挥值分配需优先考虑主力舰船，战巡和航母等高指挥值单位建议通过增援功能加入舰队，但需注意增援会取消曲速航行状态。为舰队命名时可采用战术性命名策略，例如将主力舰队伪装为炮灰舰队以迷惑对手。舰队属性界面可查看火力、舰船构成、移动速度等关键数据，这些是编组决策的基础依据。
舰船类型选择需结合战场定位与武器特性。前排应配置高护甲或能量抗性的舰船如奇美拉巡洋舰，中后排则侧重输出，卡利斯托级对巡洋舰有显著杀伤效果。防空需求较高时可编入光锥级或载机舰船。纯输出舰队可放弃防御，采用艾奥级、红宝石级等高攻单位，但需依赖其他舰队吸引火力。高速舰队需以诺玛M470、云海级等机动单位为核心，适用于拆解敌方前哨站。维修型舰船如卫士支援型可提升持续作战能力，但需权衡其对指挥值的占用。
战术编组需考虑敌方舰队构成与环境限制。针对敌方舰载机较多的阵容，需增加防空舰船比例；对抗高护甲单位时优先选择能量武器舰船。小行星稀疏区仅允许护卫舰、驱逐舰等小型舰船进入，高能辐射区则需巡洋舰以上单位。攻城作战需专门编组高攻城火力舰队，同时注意防御据点的封锁圈机制。矿船编组可混编721运输舰提升效率，但需避免过度占用主力舰队指挥值。
后期优化重点在于模块装配与增援策略。舰船模块应优先强化主武器冷却、暴击率等输出属性，装甲型舰船则侧重护甲与减命中。增援战巡或航母时需提前规划航线，避免因速度差异延误战机。封锁任务可自动刷野怪获取经验，但需注意3级以上封锁点会刷新高等级敌人。舰队移动可利用侦查舰先行定位，再通过曲速跃迁缩短主力抵达时间。维修与补给需依赖基地船坞，预制模块无法在战场直接使用。
资源管理与同盟协作是舰队持续作战的保障。矿区建议由3名玩家共享以应对争夺，采矿平台可提供10%-30%效率加成但仅限同盟成员使用。攻城时需统一集结时间，避免城防舰队刷新。撤退指令需配合工程局快速回城，防止敌方追踪基地位置。通过系统化编组与动态调整，可最大限度发挥舰队潜能，适应拉格朗日银河的复杂战局。
